Департамент находится в непосредственном подчинении мэра г. Южно-Сахалинска. В части вопросов, предусмотренных действующим законодательством Российской Федерации и Уставом города Южно-Сахалинска, Департамент в своей деятельности подотчетен Городской думе г. Южно-Сахалинска.